Обитель была духовным центром Кенозерья с XVI по XVIII века и была упразднена в 1764 году.
— Это единственный известный нам план монастыря. Он показывает, что территория обители — примерно 110 гектаров — включала пашни, сенокосы, леса, огороды, гуменники и коноплянники, церковь и кладбище, проселочные дороги, полуреку Кену и ручьи, — рассказала Марина Мелютина, начальник отдела историко-культурного наследия Кенозерского национального парка.
Согласно карте Пудожского уезда Олонецкой губернии 1860 года, земли упразднённого монастыря занимали 113,6 гектаров, что почти совпадает с показанными на плане 1783 года.
На территории Пахомиево Спасо-Преображенской Кенской мужской пустыни располагались три храма: Преображения Господня с приделом Преподобного Антония Сийского, Рождества Пресвятой Богородицы и Чудотворца Николая. К середине XX века уцелел только приходской Преображенский храм. В 1950-е годы на месте храма и кладбища устроили катище лесопункта, уничтожив значительную часть исторического наследия. Местные жители вспоминают, как бревна, иконы и серебряные предметы уходили в реку.
Летом сотрудники парка Марина Мелютина и Софья Тучина отправились в экспедицию по деревням на территории бывшего монастыря, собирая воспоминания очевидцев разрушения Спасо-Преображенского храма. Эти архивные материалы и живые свидетельства помогают восстановить образ полностью утраченной обители.
Раздел, посвящённый Пахомиево и Кенскому монастырю, появится в археологическом музее Кенозерья, который откроется в следующем году. Проект музея «Откуда я? Археологический портрет Кенозерья» реализуется при поддержке Фонда Потанина в рамках программы «Музей без границ».