Государственный флаг на «Профессоре Молчанове» был поднят 30 декабря 1982 года. Строилось судно на финской судоверфи в Турку — специально для проведения научно-исследовательских работ в Арктической морской зоне Российской Федерации.
С 1982 года НИС «Профессор Молчанов» находился в составе флота «Мурманского УГМС». В 1980-е годы на судне выполнено 34 научных рейса в Баренцево, Гренландское, Северное и Норвежское моря. Основные исследования проводились по теме взаимодействие океана и атмосферы.
Одно из значительных событий для судна было участие в работе было участие в межправительственной океанографической комиссии ЮНЕСКО.
«Профессор Молчанов» в июне 1984 года был направлен в Лиссабон, чтобы показать достижения советской науки. На борту побывали многие из участников совещание. Отзывы были очень высокие: «Корабль способен работать как в Арктике, так и тропиках».
В 1990-е годы научный флот России был поставлен на грань выживания. Несколько гидрографических и научных судов были переоборудованы в пассажирские, в том числе и НИС «Профессор Молчанов».
С 2000 года после реконструкции судно выполняло рейсы в Арктику и Антарктику с туристами на борту.
В июне 2011 года приказом Росгидромета судно «Профессор Молчанов» передано в Северное УГМС. На его борту было восстановлено необходимое для исследований оборудование и проведена реклассификация — судну вернули статус научно-исследовательского.
Судно сразу же было задействовано в работу. Уже в августе «Профессор Молчанов» отправился на остров Врангеля с попутным заходом на станции Северного УГМС для доставки оборудования и смены зимовщиков.
Всего в период с 2011 по 2022 годы на судне был выполнен 41 рейс.
В настоящее время судно выполняет практически все виды морских работ, а также работы по транспортировке и перебазированию береговых отрядов при проведении комплексных экспедиционных исследований.
Стоит отметить, что НИС «Профессор Молчанов» неразрывно связан с «Арктическим плавучим университетом».
Именно на этом судне вот уже 10 лет реализуется совместный проект Росгидромета, САФУ им. М. В. Ломоносова и Русского географического общества. Первый рейс на НИС «Профессор Молчанов» был совершен в июне 2012 года.
В 2022 году проекту исполнилось 10 лет, за это время НИС «Профессор Молчанов» выполнило 12 рейсов.
Каждое лето НИС «Профессор Молчанов» принимает на борт студентов и аспирантов российских и зарубежных ВУЗов, а также их наставников, представляющих различные образовательные учреждения России.
За это время в рейсах приняли участие более 500 человек, из них 200 студентов российских и зарубежных ВУЗов. География рейсов НИС «Профессор Молчанов» по проекту «Арктический плавучий университет» охватывает огромные территории арктического региона.
В период рейсов были выполнены исследования акватории Белого, Баренцева, Карского и Гренландского морей. Участники «Арктического Плавучего университета» высаживались на побережье материка, острова архипелагов Новая Земля, Земля Франца-Иосифа, Шпицберген, Соловецкого и других. Полученные в результате экспедиций данные наблюдений, в частности в области гидрометеорологии и океанографии, имеют большое прикладное значение и используются Росгидрометом для подготовки справочных пособий о режимах арктических морей, верификации климатических моделей.
В 2019 году НИС «Профессор Молчанов» принял участие в третьем этапе экспедиции «Трансарктика 2019» — масштабного проекта Росгидромета, организованного по поручению Правительства Российской Федерации и продолжившего исследовательские традиции морских, воздушных экспедиций и дрейфующих станций «Северный полюс» в высокоширотной Арктике.
Весной 2022 года на судне выполнен масштабный ремонт для очередного освидетельствования Регистром
В 2022 году экипаж НИС «Профессор Молчанов» в установленные сроки и на высоком уровне выполнил 4 научно-исследовательских рейса с ВНИИОкеангеология, САФУ, Центром морских исследования МГУ, а также с ПО «Севмаш», сообщает пресс-служба Северного УГМС.