Сергей Котлов родился в Архангельской области в 1981 году. Окончил Поморский государственный университет им. М.В. Ломоносова.
Более трёх лет проработал директором Шенкурской коррекционной школы, затем возглавил администрацию города Шенкурска. С 2012 года Сергей Котлов являлся главой Шенкурского района.
Весной 2017 года Сергей Котлов перешёл работать в министерство образования и науки области на должность заместителя руководителя ведомства.