Соловецкий музей-заповедник был создан 10 января 1967 года как филиал Архангельского краеведческого музея. 

Сейчас это один из крупнейших и ведущих музеев-заповедников России. Он объединяет более 1000 объектов культурного наследия от V тысячелетия до н. э. до XX века.

В 1992 году комплекс памятников архитектурного ансамбля Соловецкого Кремля включен в Список памятников Всемирного наследия ЮНЕСКО. В 1995 году Соловецкий государственный музей-заповедник включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов России.